秦始皇称帝以后，力求长生不老，迷恋仙道，不惜动用重金，先后派 徐福、韩众、侯生、卢生等人寻求仙药。侯生与卢生当初是秦始皇身边的方士，由于长期为秦始皇求仙人和仙药，却始终没有找到，而心急如焚，忐忑不安。依照秦国的法律，求不到仙药就会被处死。 因此他们深发感慨：像这样靠凶狠残暴而建立威势并且贪婪权势的人，不值得给他求仙药。于是，侯生、卢生悄悄地远走他乡。

    这件事使秦始皇十分恼怒，于是他下令， 对所有在咸阳的方士进行审查讯问，欲查出造谣惑众的侯生、卢生两人。方士们为保全自己的性命，只得相互告发，秦始皇最后把圈定的460余人，都在咸阳挖坑活埋。

    秦 始皇的“坑儒”是“焚书”的继续。至于坑杀的人究竟是方士还是儒生，学术界各持己见。从分析“坑儒”事件的起因看，秦始皇所坑杀的人应该是方士；但从长子扶苏的进谏“众儒生都学习孔子的学 说”来看，秦始皇所坑杀的又好像是儒生。

    而且东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载，秦始皇在骊山温谷挖坑用以种瓜，以冬季瓜熟的奇异现象为由，诱惑博士诸生集 于骊山观看。当众儒生争论不休、各抒己见时，秦始皇趁机下令秘杀填土而埋之，七百多名儒生全部被活埋在山谷里。于是有人便根据这一点而偏向于传统的说法，认为秦始皇确实有过“坑儒”的行为 。

    但有人研究诸史籍，认为“焚书”有之，“坑儒”则无，实是“坑方士”之讹。“坑方士”事见始皇三十五年，因为侯、卢二人求仙药不成，他们惧“秦法不得兼方， 不验辄死”，骂了秦始皇一番后逃走。既然事端由方士引起，那么就只能是“坑方士”，当然不能说被杀的四百六十余人中没有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被杀的主体应该是方士， 而被杀的原因更与儒家的政治主张和学派观点无关。所以即使被杀者有儒生，也并非因其为儒生而得罪，总是与方士们有某种牵连之故。因此绝无理由说秦始皇“坑儒”。尽管秦始皇早因“坑儒”之举 背上千古骂名，然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”这一谜团还是没有解开。